La ville sera donc regroupée naturellement au pied du château féodal au XI° siècle, sur la rive droite de l’Hers.
Les premières mentions nous permettent de dire que le territoire est tout d’abord dans la mouvance du comté de Carcassonne jusqu’à 1120, avant de rendre hommage au comte de Foix jusqu’à la croisade contre les albigeois. L’Occitanie est alors un morcellement de petits pays, et l’instauration du système féodal entraîne de nombreuses coseigneuries : ce seront donc 35 coseigneurs qui vont accorder une charte de coutumes et de privilèges à Mirepoix en 1207. 
 

La pratique méridionale du partage des terres entre tous les enfants des seigneurs va entraîner l’appauvrissement des petits nobles et les rendre d’autant moins tolérants face à la richesse de l’Eglise acquise à leurs dépens par la Réforme. Ceci explique en partie le  développement de l’hérésie cathare. La cité de Mirepoix y tiendra une place centrale, les seigneurs et les populations étant d’actifs soutiens à l’hérésie. 

De nombreuses « maisons communes » leur étaient ouvertes et, un diacre, Raymond Mercier, vit en permanence à Mirepoix. Lors du déclenchement de la croisade, l’armée croisée se déplace de Fanjeaux vers Pamiers et prend Mirepoix ; la seigneurie sera donnée à Guy de Lévis, originaire d’Ile de France et  lieutenant de Simon de Montfort. La famille de Lévis s’implante et impose un des régimes féodaux les plus lourds d’Ariège, Mirepoix continuera cependant à bénéficier de sa charte. 
 

Le 16 juin 1289, la ville est en grande partie détruite par une inondation et les habitants vont demander à Guy III de Lévis de reconstruire dans un lieu plus sûr. Il décidera d’adopter pour cette « ville nouvelle », le plan régulier des bastides. Centre de peuplement et lieu d’échanges importants, les Lévis vont y encourager la production textile et Mirepoix deviendra un centre drapier. Les foires, où l’on négociait draps, blé ou fer vont avoir une affluence considérable et la ville connaîtra son apogée au début du XVI° siècle. A ce moment là, Philippe de Lévis, prélat de la renaissance et véritable évêque bâtisseur, va contribuer au rayonnement et à l’embellissement de Mirepoix, en engageant de grands travaux de construction et d’aménagement dans son église, cathédrale depuis 1317, et son évêché. 
 

Ville prestigieuse jusqu’à la Révolution, elle subira alors d’importants changements.